روز دوازدهم اسفند 1389 باز رئیس جمهور در سخنرانی خود در لرستان راجع به اسلام ایرانی سخن گفت. عبارتی که ایسنا نقل کرده این است: رییس‌جمهور در ادامه تاکید کرد: «ما به دنبال الگوی اسلامی ایرانی هستیم؛ اسلامی به این مفهوم که هدف و الگویمان اسلامی باشد و ایرانی به این مفهوم که با روش‌های ایرانی کشور را بسازیم، که البته بحث دیگری وجود دارد به نام اسلام ایرانی که آن را در جای دیگری باز خواهم کرد. وی ادامه داد: مفهومی که ما از ولایت می شناسیم بر اساس فهم ایرانی از اسلام است، نتیجه این فهم از اسلام در طول 1400 سال فردی مانند امام خمینی است، در حالی که نتیجه اسلام دیگران نتیجه دیگر است».
از قرن پنجم هجری کسانی مانند ابن حزم با شنیدن برخی از اخبار از شرق اسلامی، تلاش کردند تشیع را نوعی جریان باطنی منبعث از آیین زرتشتی ایرانی معرفی کنند و این مسأله را نوشته و فریاد کردند.
مشابه همان ماجرا، توسط مستشرقان قرن نوزدهمی مطرح شد و تشیع را نوعی اسلام ایرانی معرفی کردند. با این حال، یک قرن بعد، بسیاری از شرق شناسان منصف، آن نظریه را باطل شمرده اساس تشیع را، در عراق و مدینه جستجو کردند و نشان دادند که چیزی به نام اسلام ایرانی در تعریف شیعه وجود ندارد. تشیع مذهبی است برآمده از آموزه‌های امامان از مدینه، از کوفه، از بغداد و حله و نجف و کربلا. مذهبی که اعراب به ایران آوردند، اشعری های عرب آن را در قم مستقر کردند. تشیع را علامه حلی عرب به ایران آورد. تشیع را محقق کرکی عرب جبل عاملی به ایران منتقل کرد و....
چند روز پیش که آقای توکلی نامه ای در باره مکتب ایرانی به رئیس جمهور نوشتند، حسرت خوردم از این که چرا روحانیون عالی مقام حوزه علمیه قم، با دیدن این مطالب و حرفها، از نوشتن باز مانده‌اند؟ آیا از گفتن و نوشتن در این باره خسته شده‌اند، یا طبق شرایط امر به معروف و نهی از منکر چون به تأثیر آن باور ندارند، از نوشتن دست کشیده اند یا دلیل دیگری دارد و ملاحظه مصالح مملکتی ... بالاخره همین که یک کسی پیدا شد و احساس مسوولیت کرد و حرفی زد و باب بحث را در این باره گشود باید تشکر کرد.
در این میان باید فقیه شجاعی مانند آیت الله العظمی صافی را ستود که در دیدار با نمایندگان روحانی مجلس در باره مکتب ایرانی فرمودند: مکتب ما مکتب محمدی و مکتب علویو مکتب قرآنی است و ترویج غیر مکتب اسلام خلاف شرع است و بودجه برای اینکار تضییع بیت المال می‌باشد