جدای از فیلم امام علی (ع) که تنها شخصیت زن در فیلم کاراکتر قطام بود که وجوه منفی داشته، میرباقری در دیگر فیلم های تاریخی خود همواره سعی کرده زنان را در دو جنبه خیر و شر به نمایش بگذارد. نگاه میرباقری به زنان در سریال »معصومیت از دست رفته» یک نگاه دو‌قطبی و خاکستری بود که دو‌طیف خیر و شر را در کنار هم روایت می‌کرد. همین دوگانگی در سریال مختارنامه نیز تعمیم یافته و در اینجا نیز با دو قطب خیر و شر و نگاه سیاه و سفیدی از زنان مواجه هستیم و البته در بین این دو قطب متضاد نیز زنانی را می‌بینیم که در میانه این دو قطب قرار دارند که نه شیطان‌صفت هستند نه فرشته‌سیرت؛ مثل ناریه (نسرین مقانلو) زن اول مختار که با وی بر سر جنگاوری و به زبان امروزی سیاست ورزی مخالف است، زبان تلخ وتندی دارد، اما موقعیت مذموم قطام در سریال امام علی(ع) را ندارد. اگر بخواهیم در میان زنان مختارنامه کسی را با قطام مقایسه کنیم، باید به جاریه خواهر مختار اشاره کنیم که با برادرش در همه چیز متفاوت است. او همسر عمرسعد، دشمن مختار می‌شود و با برادرش برسر دین و دنیا، جنگ و ستیز دارد. البته در قسمت‌های اخیر مختارنامه با زنی مثل خاشع (بهنوش طباطبایی) همسر منذربن زبیر مواجه می‌شویم که بی‌شباهت به قطام نیست. او نیز مثل قطام کابینش را برای ازدواج با برادر‌شوهرش جعفر، خون مختار قرار داده و کینه‌ورز و انتقامجوست. ضمن اینکه خود ویشکا آسایش که نقش قطام را بازی می‌کرد در نقشی کوتاه در مختارنامه، نقش جعده همسر امام حسن(ع) را بازی می‌کند که همفکر و مرام معاویه و یزیدیان است و در شهادت امام حسن(ع) نقش مؤثری دارد.
با این حال، همه زنانی که در مختارنامه می‌بینیم شخصیت منفی و کینه‌جویی ندارند. مهم‌ترین آنها عمره (فریبا‌کوثری) همسر دوم مختار است که رابطه عاطفی و عاشقانه نزدیکی با مختار داشته و با آنکه پدرش فرماندار کوفه و از شیوخ انصاری در افکار سیاسی با دامادش در یک حزب و جناح نیست، همواره از مختار حمایت و پشتیبانی کرده و در پیروزی‌های مختار نقش بسیار مؤثری ایفا می‌کند.
جالب اینکه یکی از قطعات موسیقی مختارنامه به قطعه عمره مشهور است که هر وقت او در صحنه حضور دارد و با مختار در مراوده و گفت‌وگوست شنیده می‌شود؛ قطعه‌ای که وجوه عاشقانه و دراماتیک آن بیش از قطعات دیگر موسیقی این سریال است و این نشان می‌دهد که در این سریال حضور زنان حتی در ساخت و تنظیم ملودی کار نیز تأثیر داشته است. حضور زنان در سریال مختارنامه متناسب با موقعیت تاریخی آنان به ?شکل عمده ثابت و متغیر تقسیم می‌شود. بدین معنی که برخی از آنان مثل عمره یا جاریه و ناریه تا انتهای این مجموعه و به تناوب زمانی و درامی در پیشبرد قصه تأثیر گذاشته و حضور دارند و برخی دیگر نیز در برخی از قسمت‌های آن دیده می‌شوند.
البته باید در تحلیل موقعیت این زنان به مقتضیات دراماتیک و واقعیت‌های تاریخی قصه، رجوع کرد. بدین معنی که ممکن است برخی از آنها به لحاظ دراماتیک حضور کوتاهی در سریال داشته باشند اما از حیث تاریخی، تأثیر عمیق و مؤثری بر قهرمان داستان داشته‌اند؛ مثل مادر مختار( ژاله علو) که حضور کمی در جلوی دوربین دارد اما در تربیت و هدایت مختار تأثیر عمیقی داشته است. در سکانس کوتاهی که به ملاقات مختار با مادرش در طائف اختصاص داشت نشانه‌های این تأثیرپذیری به‌روشنی قابل درک بود.
از جمله نقش‌های کوتاهی که به زنان در مختارنامه پرداخته می‌توان به حنانه (گوهر خیراندیش) اشاره کرد که دایه عمرسعد بود و در معرفی این شخصیت به مخاطب نقش مهمی داشت.
همچنین همسر کیان ( الهام حمیدی) که یک زن ایرانی بود و حجب و حیا و وقار زن ایرانی را در مقابل زخم زبان و نیش و کنایه‌های جاریه، خواهر مختار به او دیده بودیم.همچنین حضور کوتاه همسر زبیر(مریم بابونی) که قصه کربلا و حوادث عاشورا از زبان او برای مختار و البته مخاطبان روایت می‌شود. قطعا در ادامه داستان مختار باز هم با چهره زنانی مواجه خواهیم شد که در پیشبرد قصه، نقشی داشته‌اند.
واقعیت این است که میرباقری در مختارنامه سعی کرده است تا تصویر و روایتی عادلانه از حضور و سهم زنان را در قیام مختار و قصه مختارنامه روایت کند و بیش از آنکه سویه دراماتیک آن را برای جذابیت و گرم‌کردن موتور درام به کار ببرد به واقعیت‌های تاریخی در ارتباط با شخصیت‌های مونث قصه، وفادار بماند البته یکی از دشواری‌های ژانر تاریخی نه فقط درباره بازنمایی نقش زنان که حتی در تصویری که از کاراکترهای مردانه و حتی خود قصه وجود دارد، موقعیت دوگانه کارگردان بین وجوه دراماتیک داستان و سویه تاریخی و واقع‌گرایانه قصه است.
مثلا در ارتباط با همین موضوع آیا باید در ترسیم شخصیت‌های زن تاریخی صرفا به منابع و ماخذ تاریخی اتکا کرد تا عناصر دراماتیک این شخصیت‌ها را برجسته کرد تا جذابیت‌های نمایشی قصه بیشتر شود؟
با این حال به‌نظر می‌رسد که میرباقری از تجربیات قبلی خود استفاده کرده و با حرکت در میانه این دو نگرش، تلاش کرده تا تصویری معقول و منطقی از زنان را در این سریال، روایت کند. به عبارت دیگر قصه به‌گونه‌ای روایت می‌شود که جنسیت، نه رخدادهای تاریخی را رقم بزند و نه ابزاری برای گرم نگه داشتن درام و جذابیت‌های آن باشد